Il y a également eu un attentat-suicide à la bombe près du port de la capitale, Mogadiscio, qui a fait au moins sept blessés.
Le groupe militant al-Shabab a déclaré qu'il était à l'origine des deux incidents.
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Le gouvernement soutenu par l'ONU se bat contre al-Shabab pour le contrôle du pays depuis plus d'une décennie.
Les militants, qui sont alliés à al-Qaïda, ont déclaré qu'à Baidoa, ils visaient les collecteurs d'impôts, qui tenaient une réunion au restaurant, et les soldats.
Ils ont ajouté que deux soldats sont morts dans l'attaque, mais les responsables ont déclaré que les victimes étaient toutes des civils.
La police a déclaré à la BBC qu'à Mogadiscio, des officiers ont ouvert le feu sur un véhicule qui ne s'était pas arrêté à un poste de contrôle.
Le kamikaze au volant de la voiture aurait tenté de frapper un poste de police devant le port, mais les forces de sécurité lui ont tiré dessus et le véhicule a explosé.
Deux policiers et cinq passants ont été blessés.
"Des débris métalliques sont tombés sur nous à l'intérieur du port et nous avons entendu des coups de feu", a déclaré un employé du port à Reuters.
